V obravnavanem primeru je pritožbeni organ po vloženi tožbi zaradi molka organa izdal upravni akt, s katerim je dokončno odločil o tožnikovi obveznosti in tožnik pri tožbi ne vztraja (3. odstavek 39. člena ZUS-1). Zato je sodišče ob upoštevanju odločbe US RS odločilo o stroških upravnega spora po 1. odstavku 25. člena ZUS-1, po katerem sodišče odloči o stroških postopka po določbah ZPP.

Pogoji za vračilo vstopnega DDV tožniku niso podani, saj je tudi po mnenju sodišča ugotovljena navideznost poslov po spornih računih, ki pomenijo zlorabo pravic in so v nasprotju s ciljem, ki ga zasleduje ZDDV, tožniku pa je mogoče očitati, da je vedel, da gre za transakcije, katerih namen je zloraba pravic. V primerih, kot je obravnavani, gre za mreže, v katerih eden od udeleženih, t.i. missing trader državni blagajni ne plača zneska DDV, ki ga zaračuna, drugi pa ga odbije.

Glede na to, da je bilo v postopku ugotovljeno neskladje prikazanih prihodkov po posameznih knjigovodskih listinah in evidencah, je imel davčni organ zakonsko podlago za ugotavljanje davčne osnove s cenitvijo. Cenitev je ugotovitveni postopek, v katerem se ugotavljajo dejstva, ki omogočajo davčnemu organu določiti verjetno davčno osnovo. Davčni organ je pri ugotovitvi davčne osnove izhajal in se oprl na podatke, ki jih je pridobil v ugotovitvenem postopku, kot so: podatki o prihodkih in odhodkih, opravljenih dobavah ipd, kot izhajajo iz dokumentacije tožnika. Vodenje postopkov v davčnih zadevah primarno temelji na določbah ZDavP-2, ki je glede na ZUP specialni predpis, saj se določbe ZUP v davčnem postopku uporabljajo subsidiarno. Možnost sodelovanja pri sestavi zapisnika o inšpekcijskem pregledu je zagotovljena s podajanjem pripomb na zapisnik in ni treba, da bi se zapisnik pisal sproti, kot zmotno meni tožnik.