Kot prekrškovni organ Finančna uprava RS obravnava prekrške z davčnega, carinskega, trošarinskega ter nekaterih drugih področij (npr. dela in zaposlovanja na črno, iger na srečo, cestnega prometa, okoljskih dajatev,…).  V letu 2015 je bila v okviru Finančne uprave opravljena reorganizacija dela prekrškovnega organa, tako da poleg inšpektorjev in uslužbencev mobilnih oddelkov, ki izdajajo plačilne naloge na kraju storitve prekrška, vse ostale postopke o prekrških vodijo pooblaščene uradne osebe na štirih oddelkih za obravnavo kaznivih ravnanj (na finančnih uradih v Brežicah, Celju, Murski Soboti in Novi Gorici). Vsak izmed teh finančnih uradov je pristojen za obravnavo storilcev prekrškov na območju celotne države, tako da lahko izdaja prekrškovne akte vsem storilcem v Republiki Sloveniji, ne glede na njihovo prebivališče oziroma sedež. 

Finančna uprava RS je v letu 2015 sankcionirala 22.620 storilcev prekrškov s plačilnim nalogom in 4.577 storilcev z odločbo o prekršku. Skupno je bilo torej obravnavanih 27.197 storilcev prekrškov za 28.127 storjenih prekrškov. Največ sankcij je bilo izrečenih na področjih davčnega postopka, davka na dodano vrednost, dela in zaposlovanja na črno ter prometne zakonodaje.  Kar 2.858 prekrškovnih ukrepov pa je bilo v letu 2015 izrečenih v skladu z Zakonom o finančni upravi, v skladu s katerim se kaznujejo osebe, ki uradnim osebam FURS ne omogočijo izvedbe pooblastil ali ne predložijo podatkov. 

Storilcem je bila v letu 2015 izrečena globa v skupnem znesku 28.252.743 evrov in izrečenih 1.453 opominov. Ob izreku globe je storilcem največkrat globa izrečena v najnižjem predpisanem znesku, v primerih hujših prekrškov pa se lahko izreče tudi v višjem znesku, znotraj predpisanega razpona.

Postopanje FURS v okviru prekrškovnega postopka je podrobneje pojasnjeno v okviru Vprašanj in odgovorov na spletni strani FURS.